Los antecedentes del proyecto Biblia medieval se remontan a la University of Southern California (Los Ángeles, EE.UU.) a principios de los años 90. Allí Andrés Enrique-Arias, coordinador del proyecto, y Francisco Javier Pueyo Mena, director técnico en la actualidad, se conocieron al cursar juntos estudios de posgrado de lingüística hispánica. Durante ese tiempo tuvieron la oportunidad de trabajar en un seminario de historia de la lengua y edición de textos con el profesor Moshé Lazar, editor de la Fazienda de ultramar y especialista en romanceamientos bíblicos medievales y textos judeoespañoles. Como continuación de las tareas del seminario el profesor Lazar les invitó a publicar en equipo una edición crítica de la Biblia contenida en el ms. 87 de la Real Academia de la Historia (siglo XV). De este modo, Andrés Enrique-Arias y Francisco J. Pueyo empezaron a compaginar sus estudios sobre variación lingüística del español con el interés por la edición y el estudio de los romanceamientos bíblicos medievales.
Años después de aquella colaboración, a finales de los 90, Andrés Enrique-Arias y Francisco J. Pueyo volvieron a coincidir en Los Ángeles, el primero como profesor contratado en la USC y el segundo como ayudante de investigación del profesor Lazar en la misma universidad. Para entonces, Pueyo había adquirido de manera autodidacta conocimientos avanzados de lingüística computacional y programación. En aquellos momentos Andrés Enrique estaba estudiando la relación entre el códice de la RAH y la Biblia de Arragel en colaboración con Javier Pueyo, que diseñó un programa para sistematizar comparaciones. Hubo bastantes conversaciones, hasta altas horas de la mañana y regadas con buena cerveza, sobre las posibilidades del empleo de medios electrónicos para el estudio y la edición de los romanceamientos. Pero de nuevo las carreras de uno y otro discurrieron por diferentes derroteros; Enrique se mudó a Nueva York para trabajar en Colgate University y Pueyo consiguió una plaza en el Centro Superior de Investigaciones Científicas en Madrid.
En el año 2002 Andrés Enrique-Arias se trasladó a España después de pasar 13 años en los EE.UU. al aceptar un puesto para enseñar Historia de la Lengua Española en la Universitat de les Illes Balears. Desde este nuevo puesto se daban las circunstancias para intentar llevar a cabo el proyecto de formar un corpus paralelo con las traducciones biblicas medievales. Por un lado tenía la experiencia acumulada de trabajar en proyectos diversos relacionados con el español medieval, la historia de la lengua y la lingüística de corpus. Contaba además con la colaboración de Mark Davies, creador del Corpus del español, que ya había diseñado un corpus paralelo de versiones bíblicas. Andrés Enrique-Arias puso en marcha el proyecto Biblia medieval con la dirección técnica de Mark Davies y la colaboración de Cristina Matute y Antonio Bernat Vistarini y una pequeña ayuda del Plan Nacional de I+D del Ministerio de Educación y Ciencia de España. Por compromisos adquiridos anteriormente Francisco Javier Pueyo no pudo figurar oficialmente en el proyecto pero participó también de forma decisiva en la preparación de los textos.
Al poco de su puesta en marcha el proyecto recibió el impulso decisivo de una colaboración con la Fundación San Millán de la Cogolla. El profesor Claudio García Turza fue quien hizo las gestiones oportunas para conseguir varios contratos que financiaron labores de transcripción y preparación de los textos en 2006 y 2007.
A principios de 2006 ya había en línea una versión de prueba con el Pentateuco en ocho versiones paralelas y a finales de 2008 ya estaba disponible el grueso del corpus y el sitio web con los recursos asociados.
En el momento de su lanzamiento en diciembre de 2008 el corpus Biblia medieval destacó por ser a) el primer corpus paralelo de equivalentes de traducción en español antiguo; b) el único corpus en línea del español medieval en que se podía acceder a los facsímiles de los originales; c) el único corpus extenso del español medieval disponible en internet en que los textos habían sido transcritos con un criterio uniforme.
En el año 2009 Francisco Javier Pueyo pasó a formar oficialmente parte del grupo investigador y desde 2011 se encarga de la dirección técnica. Desde esta responsabilidad se ha reorganizado el sitio web y se han añadido nuevas funcionalidades al corpus. En la actualidad se está trabajando en la versión lematizada y con anotación gramatical con alineación a nivel de sintagma.
El resultado del trabajo de estos años es un repertorio de recursos gratuitos de acceso libre en la red: el corpus integral de los romancemientos bíblicos en castellano, con sus más de 5 millones de palabras, la alineación con las fuentes latinas y hebreas, las herramientas de búsqueda, las 17000 imágenes digitales y los recursos asociados (índices, concordancias, textos descargables, base de datos bibliográfica). Con todo ello, podemos destacar que, en el momento actual, el estudio de los romanceamientons bíblicos medievales en castellano cuenta con unas herramientas de las que no disponen las traducciones en ningún otro vernáculo premoderno europeo.